Badan Pengawas Obat dan Makanan (BPOM) ditetapkan sebagai Lembaga Pemerintah Non Departemen bertanggung jawab kepada Presiden, berdasarkanKeputusan Presiden Nomor 103 tahun 2001 Tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi,Kewenangan, Susunan Organisasi  dan Tata Kerja Lembaga Pemerintah  Non Departemen.

BBPOM di Yogyakarta adalah Unit Pelaksana Teknis (UPT) tipe A, sesuai Keputusan Kepala BPOM No. 05018/SK/KBPOM tahun 2001 dengan perubahan terakhir Peraturan Kepala BPOM Nomor 14 Tahun 2014.

Berdasarkan Pasal 2 Peraturan Kepala BPOM Nomor 14 Tahun 2014, UPT di lingkungan BPOM mempunyai tugas melaksanakan kebijakan dibidang pengawasan obat dan makanan, yang meliputi pengawasan atas produk terapetik, narkotika, psikotropika, zat adiktif, obat tradisional, kosmetik, suplemen kesehatan serta pengawasan atas keamanan pangan dan bahan berbahaya

Dalam menjalankan tugas pokok tersebut, berdasarkan Pasal 3 Peraturan Kepala BPOM Nomor 14 Tahun 2014, UPT di lingkungan BPOM mempunyai fungsi :

1. Penyusunan rencana dan program pengawasan obat dan makanan.

2. Pelaksanaan pemeriksaan secara laboratorium, pengujian dan penilaian mutu produk terapetik, narkotika, psikotropika zat adiktif, obat tradisional, kosmetik, suplemen kesehatan, pangan dan bahan berbahaya.

3. Pelaksanaan pemeriksaanlaboratorium, pengujian dan penilaian mutu produk secara mikrobiologi.

4. Pelaksanaan pemeriksaan setempat, pengambilan contoh dan pemeriksaan sarana produksi dan distribusi.

5. Investigasi dan penyidikan pada kasus pelanggaran hukum.

6. Pelaksanaan sertifikasi produk, sarana produksi dan distribusi tertentu yang ditetapkan oleh Kepala Badan Pengawas Obat dan Makanan

7. Pelaksanaan kegiatan layanan informasi konsumen.

8. Evaluasi dan penyusunan laporan pengujian obat dan makanan.

9. Pelaksanaan urusan tata usaha dan kerumahtanggaan.

10. Pelaksanaan tugas lain yang ditetapkan oleh Kepala BadanPengawas Obatdan Makanan, sesuai dengan bidang tugasnya.

BBPOM di Yogyakarta juga ditetapkan sebagai Laboratorium Unggulan Baku Pembanding sesuai SK Kepala Badan POM No. HK. 04.1.71.01.13.021 tahun 2013, dengan tugas khusus sebagai berikut:

1. Melakukan pembuatan baku pembanding sesuai dengan persyaratan pembuatan baku pembanding

2. Melakukan pengadaan baku pembanding primer dan bahan baku pembanding

3. Mengajukan rencana pengadaan baku pembanding primer dan bahan baku pembanding dan Tim Adopsi Baku Pembanding kepada Sekretaris Utama dengan tembusan kepada Kepala Biro Perencanaan dan Keuangan;

4. Menyelenggarakan Rapat Adopsi Baku Pembanding yang dihadiri oleh Tim Ahli yang bersifat ad hoc yang ditetapkan berdasarkan keputusan Kepala Badan Pengawas Obat dan Makanan;

5. Melaporkan pelaksanaan pembuatan baku pembanding kepada Kepala Badan Pengawas Obat dan Makanan melalui Sekretaris Utama, dengan tembusan kepada Kepala Pusat Pengujian Obat dan Makanan Nasional dan Kepala Biro Perencanaan dan Keuangan;

6. Menyerahkan baku pembanding dan sertifikat baku pembanding yang telah dibuat kepada Kepala PusatPengujian Obat dan Makanan Nasional.