Badan Pengawas Obat dan Makanan (BPOM) ditetapkan sebagai Lembaga Pemerintah Non Departemen bertanggung jawab kepada Presiden, berdasarkanKeputusan Presiden Nomor 103 tahun 2001 Tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi,Kewenangan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Pemerintah Non Departemen.
BBPOM di Yogyakarta adalah Unit Pelaksana Teknis (UPT) tipe A, sesuai Keputusan Kepala BPOM No. 05018/SK/KBPOM tahun 2001 dengan perubahan terakhir Peraturan Kepala BPOM Nomor 12 Tahun 2018.
Berdasarkan Pasal 3 Peraturan Kepala BPOM Nomor 12 Tahun 2018, UPT di lingkungan BPOM mempunyai tugas melaksanakan kebijakan dibidang pengawasan obat dan makanan, yang meliputi pengawasan atas produk terapetik, narkotika, psikotropika, zat adiktif, obat tradisional, kosmetik, suplemen kesehatan serta pengawasan atas keamanan pangan dan bahan berbahaya
Dalam menjalankan tugas pokok tersebut, berdasarkan Pasal 4 Peraturan Kepala BPOM Nomor 12 Tahun 2018, UPT di lingkungan BPOM mempunyai fungsi :
1. Penyusunan rencana dan program di bidang pengawasan Obat dan Makanan.
2. Pelaksanaan pemeriksaan sarana/fasilitas produksi Obat dan Makanan;
3. Pelaksanaan pemeriksaan sarana/fasilitas distribusi Obat dan Makanan dan/atau sarana/fasilitas pelayanan kefarmasian;
4. Pelaksanaan sertifikasi produk dan sarana/fasilitas produksi dan/atau distribusi Obat dan Makanan;
5. Pelaksanaan pengambilan contoh (sampling) Obat dan Makanan;
6. Pelaksanaan pengujian Obat dan Makanan;
7. Pelaksanaan intelijen dan penyidikan terhadap pelanggaran ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
8. Pengelolaan komunikasi, informasi, edukasi, dan pengaduan masyarakat di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
9. Pelaksanaan koordinasi dan kerja sama di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
10. Pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
11. Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga; dan
12. Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Kepala Badan.